Топоним „Soule“ впервые упоминается в письменных источниках в 1236 году – в Ливонской рифмованной хронике, посвящённой битве при Сауле (лит. Saulės mūšis). Днём рождения города Шяуляй считается 22 сентября 1236 года.
Шяуляйский край впервые упоминается в Ливонском акте 1254 года. Шяуляйский край – составная часть конфедерации жямайтских земель – сыграл важную роль в борьбе с ливонским орденом в XIII–XIV веках.
Город Шяуляй, позаимствовавший название от Шяуляйского края, входит в группу самых старых основанных в начале XV века городов Литвы. После битвы при Жальгирисе (лит. Žalgirio mūšis, рус. Грюнвальдская битва) исчезла опасность новых вторжений крестоносцев. Крепости Шяуляйского края, в том числе и крепость Салдуве (лит. Salduvės pilis), утратили свои оборонительные функции.
Город Шяуляй впервые упоминается в письменных исторических источниках в 1524 году – в документе великого князя литовского Жигимантаса Сянасиса (лит. Žygimantas Senasis, рус. Сигизмунд Старый).
В XVI веке Шяуляй превратился в административный центр Шяуляйской волости.
Во второй половине XVIII века, в 1765 году, администратором королевских владений Великого княжества Литовского стал Антанас Тизенхаузас (лит. Antanas Tyzenhauzas, рус. Антоний Тизенгауз), являвшийся одним из самых образованных и прогрессивно мыслящих деятелей своего времени. В королевских владениях, в том числе и в Шяуляйском, он инициировал проведение радикальных экономических и градостроительных реформ. В тот период в Литве стали популярными идеи классицизма. Именно на них опирался А. Тизенхаузас, перестраивая город с радиальной структурой в город с правильной прямоугольной сетью улиц. В 1774 году началась реконструкция центра города: благоустройство центральной площади и уличной сети по принципам классицистической архитектуры.
Конец XVIII века для истории города стал знаковым – своей привилегией от 9 ноября 1791 года правитель Польши и Литвы Станиславас Аугустас (рус. Stanislavas Augustas, рус. Станислав Август) предоставил Шяуляй право на самоуправление.
9 ноября 1791 года король Польши и Литвы Станиславас Аугустас наделил Шяуляй правами вольного города и утвердил первый герб, выбранный самими горожанами.
Основные элементы герба: жямайтийский медведь, Всевидящее око (символ Сейма) и телёнок красного цвета (родовой герб короля Станиславаса Аугустаса Понятовскиса (лит. Stanislavas Augustas Poniatovskis, рус. Станислав Август Понятовский)).
Медведь свидетельствует об административной принадлежности Шяуляй к Княжеству жямайтскому, Всевидящее око символизирует Великого Архитектора Вселенной, наблюдающего за трудами вольных каменщиков, телёнок – Станиславаса Аугустаса, даровавшего городу права.
Иллюстрация из: Lietuvos heraldika, V., 1998
В 1795 году начался новый этап в истории Шяуляй. После присоединения Литвы к России Екатерина II подарила город с огромной территорией – Шяуляйскую экономию – князю Платону Зубову. Указом от 10 октября 1795 года Екатерина II провозгласила Шяуляй уездным городом.
6 апреля 1845 года российский император Николай I пожаловал Шяуляйскому уезду новый герб.
Во второй половине XIX века Шяуляй превратился в центр культурной жизни провинциальной Литвы. В городе появился класс литовской интеллигенции, занимавшейся деятельностью, связанной с национальным возрождением, просвещением и культурой. Подлинный расцвет литовской культуры в городе наблюдался в 1905–1914 годах.
В 1897 году Шяуляй стал вторым после Каунаса по численности населения (16128 жителей) городом Литвы, опередив Укмярге, Панявежис, Расяйняй. Изменился и национальный состав населения города. Большинство горожан (1909 г. – 56,4%) были евреями. Шяуляй привлекал еврейских предпринимателей удобством транспортного сообщения с промышленными центрами России. Созданное Х. Френкелем, братьями Нурок, братьями Рогалиными кожевенное производство прославило город.
В годы первой мировой войны Шяуляй очень пострадал – разрушено 65 % городских зданий.
Во время Первой Литовской Республики, в так называемый межвоенный период, начался новый этап развития Шяуляй. В эти годы в связи с политическими катаклизмами (утратой Вильнюса, Клайпеды) Шяуляй стал важным краевым политико-экономическим и культурным центром Литвы, вторым по значимости после временной столицы – Каунаса.
В 1919 году Шяуляй получил статус уездного города, а в 1931 году – права крупного города Литвы.
В 1923 году Шяуляй – третий город по количеству населения (после Каунаса и Клайпеды), четвёртый по занимаемой территории (24 км2) (после Каунаса, Клайпеды и Панявежиса).
В 1918 году исторический герб 1791 года в несколько изменённом виде украсил печати города Шяуляй и Шяуляйского уезда.
Герб города Шяуляй. Художник Б. Шаляморас.
Открытка из фондов музея «Аушра» (лит. „Aušros“ muziejus)
В конце 1919 года после победы в борьбе за независимость в городе начались восстановительные работы.
На благоустроенной территории Сукилялю кальнялис (лит. Sukilėlių kalnelis, рус. Холм повстанцев), где покоятся убитые участники восстания 1863–1864 годов, разбит парк Неприклаусомибес (лит. Nepriklausomybės parkas, рус. Парк Независимости). В 1931 году установлен Памятник павшим в борьбе за независимость (архитектор – К. Рейсон).
В межвоенные годы культурная жизнь Шяуляй отличалась разнообразием и содержательностью. В городе сформировалась группа творческой интеллигенции, занимающейся культурно-просветительской работой, благодаря которой Шяуляй прекратился в настоящий центр культурной жизни Северной Литвы.
Видная издалека доминанта города – архитектурный памятник эпохи Ренессанса кафедральный собор Св. Петра и Павла (до 1997 года – костёл) – служит своеобразным указателем на центр города.
Архитектурный памятник XVII века дошёл до наших дней в несколько изменённом виде. Особенно он пострадал в годы Второй мировой войны – в 1944 году сгорели деревянные элементы здания, культурные ценности, алтари, орган, мебель. Реставрационные работы были завершены только в 1956 году.
Решением Папы Римского Иоанна Павла II от 8 мая 1997 года учреждено Шяуляйское епископство.
Жилой дом Доры и Хаима Френкелей – дворец Х. Френкеля – самый ценный памятник модернистской архитектуры в Шяуляй, классический образец архитектуры эпохи модерн (сецессии) начала XX века.
Дворец является также очень важным городским объектом еврейского историко-культурного наследия. Семья Д. и Х. Френкелей активно занималась благотворительной деятельностью: Д. и Х. Френкели построили для шяуляйской еврейской общины школу, приют для престарелых и инвалидов, больницу, синагогу. Впоследствии, в межвоенные и советские годы, городская общественность использовала эти здания в культурно-просветительских целях.
С 1993 года дворец находится в ведении шяуляйского музея «Аушра» (лит. „Aušros“ muziejus).